La historia de este templo es fundamental para el desarrollo de la ciudad de Alcalá, que también está protegida por los arzobispos de Toledo como lugar sagrado. En el sitio del antiguo martirio se construyó una iglesia, la cual fue reconstruida por Rodrigo Jiménez de Rada, el hombre detrás de la construcción de la Catedral de Toledo. Fue renombrada Capilla de los Arzobispos y ampliada por el arzobispo García Gudiel en 1290. A petición del arzobispo Carrillo, en 1477 se erigió una colegiata, por bula del Papa Sixto IV.

El gran cardenal de España, Pedro González de Mendoza, trajo el Renacimiento a este templo y abrió Castilla a nuevas corrientes de pensamiento. Fue en este periodo, el 15 de diciembre de 1485, cuando la reina Isabel la Católica dio a luz en Alcalá a la Infanta Catalina —la futura Catalina de Aragón— quien fue bautizada ocho días después en la Colegiata (hoy catedral desde 1991) por el propio cardenal Mendoza, con los Reyes Católicos Fernando e Isabel y sus hijos, el príncipe Juan, entonces de siete años de edad, y las Infantas Juana, Isabel, y María, asistiendo al bautismo.

Uno de los enclaves conventuales más importantes del siglo XVII en Alcalá de Henares, el Monasterio de San Bernardo. Fundado por el Cardenal Arzobispo de Toledo, Bernardo de Sandoval y Rojas.

El interior sorprende, en deliberado contraste con la austera fachada cortina, la planta ovalada, y la grandiosa cúpula ovalada que la cubre, la más grande de su tipo en España.

El edificio es obra del arquitecto Juan Gómez de Mora, el maestro más importante de su época. Juan Gómez de Mora estuvo ligado a la arquitectura real de Felipe II a través de su familia y su formación, aunque su propia obra se desarrolló principalmente bajo los reinados de Felipe III y Felipe IV.

Durante la construcción de este templo, Juan Gómez de Mora alternó su trabajo con proyectos reales, como su implicación en el Panteón del Monasterio de El Escorial y el Real Colegio de la Compañía de Jesús en Salamanca.

El templo está modelado a partir de la romana Santa Anna dei Palafrenieri, una obra de Vignola que, a su vez, se basa en el Tratado de Arquitectura de Serlio.